ბაგრატის ტაძარზე რამდენიმე ადგილზე წყალი ჩადის, სველდება გარეთა კედელი და ტაძრის აღმოსავლეთ ნაწილში, დაგუბებული წყალი საძირკვლამდე ჩადის.
ქუთათელ-გაენათელი მიტროპოლიტის, მეუფე იოანეს თქმით, ბაგრატის ტაძარზე დაზიანება დიდი არ არის და აღნიშნულ საკითხზე კულტურის მინისტრი ინფორმირებულია. მეუფე იოანე ამბობს, რომ წყლის კვალი ტაძრის კედელზე მინისტრმა თავად ნახა და ასევე, დაისვა საკითხი კულტურის სამინისტრომ და ძეგლთა დაცვამ გადაამზადოს სპეციალისტები, რათა მომავალში
მსგავსი პრობლემების დროს, ადგილზე კვალიფციურმა სპეციალისტებმა იმუშაონ.
“კულტურის მინისტრი იყო მოსული და შეისწავლეს. დაისვა საკითხი, რომ ძეგლთა დაცვის სააგენტო და კულტურის სამინისტრო მოამზადებს მშენებლებს და რესტავრატორებს და მომავალში მხოლოდ სერთიფიცირებული ადამიანები დაიშვებიან სამუშაოებზე. შეცდომები ხდება, მაგრამ მთავარია, გამოსწორება. დიდი დაზიანება არ არის, ერთ ნაწილზე გარედან სველდება კედელი. გელათისგან განსხვავებით ფრესკები არ არის და დაზიანება არ გვაქვს”, – განაცხადა მეუფე იოანემ.
ბაგრატის ტაძარი Unesco-ს მსოფლიო მემკვიდრეობის კომიტეტმა კულტურული მემკვიდრეობის ძეგლთა სიაში 1994 წელს შეიყვანა, 2017 წელს კი – ამოიღო.
ბაგრატისთვის მსოფლიო კულტურული მემკვიდრეობის სტატუსის გაუქმების მიზეზად 2010 წელს ჩატარებული რეკონსტრუქცია დასახელდა.